Сюжет игры:
Основной целью Наруто по прежнему остаётся возвращение Саске в Коноху. А так же, не подвести отца и стать в будующем Шестым Хоккагэ. Небыло бы столько трудностей, если бы не назревающая война с акацуками. В этой войне даже Орочимару становится на сторону Конохи. Смогут ли они победить?
Минато приходит во сне к Наруто и говорит что войну нужно начинать немедленно, иначе они не смогут победить. Но что же решает Наруто? Как поступит Цунадэ и остальные? Что принесёт им эта война?
Акацуки намереваюся захватить девятихвостого в свою власть. Но там назревает бунт - Мадара осознанно пытается стать лидером организации. Как будет вести себя Пейн? К чему это всё приведёт? Всё в ваших руках!